L'edificio, sorto negli ultimi anni del XIII secolo su un'area di proprietà della famiglia Doria,
accanto alla cattedrale di San Lorenzo, e sistemato soltanto quattro secoli dopo
nella forma attualmente conservata di "Palazzo Ducale",
non è stato l'unica sede del Governo della Repubblica e residenza ufficiale dei Dogi,
ma esso solo, a differenza degli altri, riassume la storia di Genova.
Annesso al Palazzo si erge la "Torre del popolo", sopraelevata poi nel 1539.
Nel 1591 viene affidato al ticinese Andrea Ceresola detto il Vannone
l'incarico di ricostruire il Palazzo, egli sulle precise direttive ricevute,
mirò unicamente ad ottenere un edificio fortificato, e a sistemare in esso
gli ambienti che l'evoluzione degli uffizi e la loro complicazione richiedevano.
Un furioso incendio nel 1777 distrusse quasi completamente il corpo centrale
e le sale del Maggior e Minor Consiglio, la delicata ricostruzione
fu affidata all'architetto Simone Cantoni. Verso la fine del'900 il Palazzo fu sede di tribunali,
uffici di finanza e di polizia, e attraversò un periodo di abbandono,
ma nel 1933 dopo l'acquisto da parte del Comune
venne interamente restaurato da Gaetano Poggi e da Orlando Grosso.
Fino al 1974 il palazzo ha ospitato gli uffici della magistratura civile e penale genovese,
trasferiti ora nel edificio di Piccapietra.
Nel 2001 Palazzo Ducale è stato sede del Vertice G8,
in occasione di questo appuntamento ha subito, insieme ad una vasta area del centro storico,
una importante ristrutturazione.